مصطفي اردستاني در سال 1328 در روستاي قاسم آباد از توابع شهرستان ورامين ديده به جهان گشود . تحصيلات ابتدايي و متوسطه را در شهرستان ورامين گذراند . پس از اخذ ديپلم در سال 1348 به خدمت سربازي اعزام شد . خدمت سربازي را به عنوان سپاه دانش در يكي از روستاهاي اسفراين انجام داد .

اردستاني در سال 1350 وارد دانشكدة خلباني نيروي هوايي شد . پس از گذراندن مقدمات آموزش پرواز در ايران ، به منظور تكميل دورة خلباني به كشور آمريكا اعزام شد و پس از اخذ دانشنامة خلباني به ايران بازگشت و با درجة ستواندومي در پايگاه چهارم شكاري دزفول به عنوان خلبان هواپيماي « اف 5 » مشغول به خدمت شد .

با اوج گيري انقلاب شكوهمند اسلامي و حتي قبل از آن جزء نخستين خلبانان حزب اللهي بود كه در به ثمر رسيدن انقلاب اسلامي و آگاه كردن ساير قشرهاي پرسنل نيروي هوايي نقش بسزايي داشت .

اردستاني در سال 1359 به عنوان افسر خلبان شكاري در پايگاه شكاري تبريز مشغول به خدمت بود كه جنگ تحميلي عراق عليه ايران آغاز شد ، علي رغم اينكه در روز حملة‌هوايي دشمن به خاك ميهن اسلامي در مرخصي به سر مي‌برد ، ولي بلافاصله خود را به پايگاه مربوطه رساند و از روز بعد پروازهاي جنگي خود را شروع كرد .

وي در سال 1360 به عنوان فرمانده پايگاه پنجم شكاري ( اميديه ) انتخاب و در اين پايگاه مشغول خدمت شد . علاوه بر مسئوليت سخت فرماندهي ، خود نيز شخصاً در پروازهاي جنگي شركت مي‌جست و نسبت به خدمات جانبي از جمله رسيدگي به امكانات زيستي و فضاي سبز و … پايگاه پنجم همت مي‌گمارد .

اردستاني در سال 1363 به سمت معاون عملياتي پايگاه دوم شكاري منصوب شد . پس از 3 سال انجام وظيفه در اين مسئوليت ، در سال 1366 به عنوان مديريت آموزش عمليات نيروي هوايي ارتش جمهوري اسلامي ايران منصوب شد .

پس از شهادت سرلشكر خلبان عباس بابايي كه معاونت عمليات نيروي هوايي را عهده دار بود، اردستاني به اين سمت ( معاونت عمليات نيروي هوايي ) برگزيده شد و تا زمان شهادت (15/10/1373 ) عهده دار اين مسئوليت مهم بود .